Správná diagnóza je prvním předpokladem pro správné nasazení protizánětlivých léků a minimalizaci jak poškození orgánu, tak redukci vzniku vedlejších účinků. Rozsah a způsob léčby mají velký vliv na další rozvoj a průběh choroby.
Cílem léčby by mělo být zastavení aktivity zánětu onemocnění a udržovat pacienta v klidovém stavu, tzv. remisi. Léčba by měla maximálně šetrnými způsoby úspěšně pozastavit zánětlivý proces a pokusit se zachovat postiženou část traktu v maximálně nepoškozeném stavu. Chirurgické řešení by mělo nastoupit až ve chvíli, kdy nemá konzervativní léčba patřičnou odezvu a pacientův stav vyžaduje okamžité řešení (abscesy, píštěle, stenózy..).
Symptomy, jako horečka, rychlý úbytek váhy, nechutenství, křečovité bolesti ap. mají ve standardních případech výrazně zeslábnout nebo dokonce odeznít během několika dní až týdnů od nasazení léčby. Není-li tomu tak, je třeba dát pozor na komplikující faktory nebo na chybnou diagnózu.
Jakmile se stav nemocného ustálí v klidovém stavu, je možné výrazně snížit dávky kortikosteroidů a snižovat tak možnost nepříjemných vedlejších účinků.
