Jediným skutečně vážným rizikem zůstává obávaný větší sklon uživatelek k tvorbě krevních sraženin – trombů. Zvýšená pozornost musí být věnována ženám se sklonem k tvorbě křečových žil, v nichž se právě tyto tromby tvoří. Tato komplikace byla nebezpečná zejména dříve, při užívání tablet s vysokým obsahem estrogenu. V současné době nízkodávkovaných preparátů pochopitelně je i toto riziko podstatně nižší.
Důležité je poučení, že zejména při dlouhodobé nehybnosti dolních končetin je tendence k tvorbě krevních sraženin podstatně zvýšena. proto by ženy, které jsou dlouhodobě upoutány na lůžko v důsledku operace nebo úrazu, měly upozornit na užívání hormonální antikoncepce svého ošetřujícího lékaře. Mohou jim pak být podávány přípravky, které nebezpečí tvorby krevních straženin podstatně snižují. Také před plánovanými operacemi se doporučuje užívání hormonální antikoncepce přerušit.
Vedlejší nepříznivé účinky a možné komplikace jsou už více než 30 let pečlivě monitorovány nepřebernou řadou různých sledování, z nichž mnohá zahrnují desetitisíce uživatelek. Není žádným tajemstvím, že v průběhu posledního desetiletí počet negativních účinků a komplikací nápadně poklesl a naproti tomu výskyt příznivých faktorů několikanásobně převážil. Americké zdravotní pojišťovny, které ve výpočtu pojistného kalkulují všechny možné životní okolnosti včetně toho, na jakou nemoc zemřela babička a zda je pojištěnec vlastníkem motorového člunu, jednoznačně považují užívání hormonální antikoncepce za zdravotní výhodu a uživatelkám přiznávají ve výpočtu pojištění určitý bonus.
Nejobsáhlejší studie následků hormonální antikoncepce byla provedena ve Velké Británii už v roce 1989 a zahrnuje celkem 17 032 pečlivě sledovaných žen. Velice jasným kritériem je úmrtnost, tedy riziko smrti uživatelek hormonální antikoncepce ve srovnání se stejně početnou kontrolní skupinou žen stejného věku a s výskytem stejného množství ostatních rizikových faktorů. Pokud by relativní riziko smrti bylo u obou skupin stejné, bylo by vyjádřeno číslem 1. Zmíněný sledovaný soubor uživatelek hormonální antikoncepce vykázal relativní riziko 0,9. Užívání pilulek tedy v žádném případě ženu neohrožuje, dokonce znamená mírnou zdravotní výhodu. V poslední době při používání moderních preparátů s nižším obsahem hormonů se riziko ještě dále snižuje.
V osmdesátých letech způsobilo novinářskou senzaci sdělení, že se u uživatelek hormonální antikoncepce zjistilo o něco vyšší riziko výskytu rakoviny prsu. Přestože v některých jiných studiích nebylo toto riziko potvrzeno a také proto, že se jednalo vlastně o ženy užívající ještě staré typy antikoncepčních tablet, přetrvává dnes i v oficiálních dokumentech Mezinárodní federace pro plánované rodičovství upozornění na nepatrně vyšší riziko rakoviny prsu zejména u žen užívajících tuto antikoncepci před 25. rokem věku. O příčinách vzniku rakoviny prsu toho dosud víme jen velice málo. Srovnávací studie z celého světa hovoří však také o škodlivém vlivu různých stravovacích zvyklostí. Zejména červené druhy masa a hojnost mléčných produktů bývají v této souvislosti často obviňovány. Také ženy z Japonska mají nápadně nízký výskyt rakoviny prsu, když se však přestěhují do USA a přijmou tamní stravovací zvyklosti, výskyt této rakoviny se záhy vyrovná s ostatní americkou populací. Riziko rakoviny prsu při užívání hormonální antikoncepce je samozřejmě bohatě vykompenzováno nižším výskytem rakoviny dělohy a vaječníků, nicméně pro tyto ženy plato nadále doporučení pečlivého sledování a vyšetřování prsů v rámci preventivních gynekologických prohlídek.
Pokud se pak týká nepravidelností menstruačního cyklu v podobě krvavého výtoku mimo menstruační termín, tento jev u některých žen pozorujeme hlavně na začátku užívání a po několika cyklech se rytmus většinou upraví. Stejné je to i s obávanou obezitou uživatelek. Občas se zejména na začátku užívání vyskytne sklon ke zvyšování váhy, nebo jak se ještě nedávno nepěkně říkalo, tělesné hmotnosti. Naprosto nepatrné procento žen je nuceno v důsledku hromadění tělesného tuku užívání hormonální antikoncepce přerušit. U většiny žen se pak v průběhu několika cyklů váhový přírůstek zastaví a s nadbytečnými kilogramy pak dotyčná boubelka bojuje účelnou životosprávou a rozumnou redukční dietou.
Také rakovina děložního čípku bývá někdy s užíváním hormonální antikoncepce dávána do souvislosti. Při tomto nebezpečném onemocnění však musíme počítat ještě s jinými rizikovými faktory, mezi které se počítá především kouření, a častější nechráněný pohlavní styk, především přímý kontakt děložního čípku s mužským ejakulátem. V této souvislosti se většinou jedná o zvláštní druh infekce, tek zvaný lidský papilomavirus. Některé výzkumy prokázaly dokonce i nebezpečné muže, jejichž semeno je obzvlášť rakovinotvorné. Mezi ženami užívajícími hormonální antikoncepční tablety je kupodivu stále vyšší procento kuřaček, dokonce i počet jejich sexuálních partnerů je statisticky o něco vyšší. Je tedy možné, že tyto rizikové faktory se vzájemně sčítají a jako prevence rakoviny děložního čípku bude spíše sloužit omezení počtu milenců nebo ještě raději zanechání kouření. Tento druh rakoviny je, vzhledem ke snadné přístupnosti děložního čípku různým vyšetřovacím metodám, také lehce zachytitelný a léčitelný už v předrakovinných stadiích. Proto se všem uživatelkám hormonální antikoncepce doporučují pravidelná gynekologická preventivní vyšetření.
Při přednáškách o hormonální antikoncepci se největšímu zájmu posluchačů těší většinou problémy sexuálního života uživatelek. V této souvislosti se nejčastěji uvádí ztráta sexuální žádostivosti. Bylo by jistě naprostým paradoxem, aby tato ztráta chuti na sex byla považována za zvláštní druh antikoncepce. Připomínalo by to potom tak zvanou mužskou antikoncepční tabletu, která sice spolehlivě zařídí vymizení spermií v ejakulátu, ale neméně spolehlivě způsobí impotenci. Naštěstí ženská hormonální antikoncepce způsobí mírné snížení libida jen asi u 15 – 20 % uživatelek. Většina žen se naopak z pohlavního styku více těší, pravděpodobně proto, že odpadl strach z nechtěného těhotenství. Ale co těch 15 – 20 % méně žádostivých? Že by to způsobily hormony?
Víme dobře, že ženský sexuální život je na hormonech víceméně nezávislý. Tak třeba po operativním odstranění obou vaječníků – kastraci, zůstává u naprosté většiny operovaných zachován pohlavní život bez jakýchkoliv změn. Navíc je obsah hormonů v pilulce tak minimální, že s nějakým ovlivněním pohlavního pudu můžeme počítat opravdu jen s velikou dávkou fantazie.
Pravá příčina snížení sexuálního zájmu u uživatelek hormonální antikoncepce bude spočívat pravděpodobně ve skutečnosti, že pohlavní styk už pro ně přestává být rizikem a právě proto se stává méně atraktivní. Určité procento žen totiž patří k osobám záměrně vyhledávajícím nebezpečí. Riziko neúspěchu představuje pro takové lidi pravý motor veškeré aktivity. Možnost nechtěného a nežádoucího těhotenství vnímají jako lákavou a nebezpečnou chůzi po laně nad propastí, způsobuje jim to přijemné mrazení v zádech. Bez takovéhoto nebezpečí už pohlavní styk není to pravé ořechové. Pro tuto teorii hovoří také zhruba stejné procento poklesu pohlavní žádostivosti u žen se zavedeným nitroděložním antikoncepčním tělískem bez jakýchkoliv hormonů. Sexuologická léčba je pochopitelně obtížná. Pokud nelze na antikoncepci zapomenout, není jiného východiska než ji zrušit. K čemu ostatně taková antikoncepce bez chuti na sex. Pokud by se ovšem nepodařilo najít nějaké jiné náhradní nebezpečí.