O tom, kolik fytoestrogenů přijímá člověk s potravou, rozhodují v prvé řadě tradiční národní zvyky. Například většina asijské populace konzumuje 20-80 mg genisteinu za den, zatímco průměrný Američan přijme za den pouze 1-3 mg genisteinu.
Obsah fytoestrogenů v potravinách ale do značné míry závisí na technologickém zpracování jednotlivých surovin. V Asii jsou například velmi oblíbené pokrmy vyráběné fermentací sójových fazolí (jako je tempeh, miso nebo sójová pasta). Například při mletí sójových fazolí se obsah daidzein a genisteinu mírně sníží. Při vaření se daidzein ani genistein nerozkládají, ale pražení fazolí vyvolává ztráty kolem 20% pro genistein a 15% pro daidzein. Zmražené sójové fazole obsahovaly o 20 – 30% méně daidzeinu i genisteinu ve srovnání s čerstvými, a rovněž skladování syrových fazolí způsobilo pokles obsahu fytoestrogenů až o 75 %.
Výroba tofu koncentraci izoflavonů neovlivňuje. Naproti tomu při výrobě sójových párků nebo tofu jogurtu se sníží obsah fytoestrogenů až 10x. Odstranění tuku z práškových sójových surovin vede ke snížení obsahu izoflavonů o 30 – 40%.
Většina autorů odborných prací se přiklání k názoru, že hlavní příčinou rozdílných koncentrací fytoestrogenů v podobných potravinách je původ jednotlivých surovin. Např. fazole z Japonska a USA mají zhruba stejný obsah daidzeinu ale liší se až o 30% v obsahu genisteinu. Dalšími faktory jsou i doba skladování potraviny v obchodě, klimatické podmínky při pěstování a vegetační zralost rostliny při sklizni.
